提高作物品质

　　许多微生物肥料可以提高作物品质。根瘤菌固定的氮可以输送到籽粒中，增加豆类籽粒的蛋白质含量。此外，在某些蔬菜上使用某些微生物肥料，可以增加其维生素含量，降低叶菜类作物的硝酸盐含量，增加果菜类作物的糖分等。

　　提高植物病(虫)、抗逆性

　　一些微生物肥料中的微生物可以产生抗牛物质。它可以直接对抗病原微生物。抑制它们的生长和繁殖。产黄放线菌能分泌产生“5406”抗生素，对棉花黄萎病和枯萎病有一定的防治作用。此外，有益微生物在作物根部定殖后，大量生长繁殖，形成作物根际的优势菌群。通过占据食物资源和肝脏空间，它们比致病微生物具有竞争优势。从而抑制了这些有害微生物在植物体内的生长繁殖，间接增加了植物的抗病能力。

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